En el Japón de la posguerra surge un nuevo terror. ¿Podrán sobrevivir las personas devastadas... y mucho menos defenderse? La película comienza con Haruo Sakaki siendo testigo de la destrucción de Tokio por Godzilla en 2016. Haruo se siente responsable de la tragedia y se une a un grupo de científicos y militares que trabajan para desarrollar una nueva arma para derrotar a Godzilla. El grupo se establece en una base secreta en el Ártico, donde comienzan a trabajar en un nuevo robot gigante llamado Mechagodzilla. Mechagodzilla es un arma poderosa, pero también es muy peligroso. Haruo se preocupa de que Mechagodzilla pueda ser más peligroso que Godzilla mismo. Mientras tanto, Godzilla continúa devastando el mundo. El monstruo se dirige a Japón, y Haruo y su equipo saben que deben detenerlo.